Nucleic Acids Research 2008, 36, Sp. Iss. SI D966-D969

郭安源、陈新、高歌、张禾、朱其慧、刘小川、钟应福、顾孝诚、何坤、罗静初

转录因子（Transcription Factors）对基因表达具有重要调控作用。从基因组水平上系统地预测转录因子，构建转录因子数据库，可为转录因子功能和演化研究提供宝贵资源。为此，我们搜集了5个已经完成全基因组测序的模式生物（拟南芥、杨树、水稻、苔藓、衣藻）和17个正在进行EST测序的重要经济作物（包括玉米、棉花、大豆、苹果、松树、苜蓿等）的DNA和蛋白质序列，预测了26402个转录因子，共分64个基因家族，构建了植物转录因子数据库PlanTFDB (http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn)。该数据库对预测到的转录因子按家族和基因两个层次进行注释。对每个转录因子基因家族作简单介绍，每个转录因子条目均有基本信息、功能域注释和数据库交叉链接。此外，预测了每个转录因子在其它物种中可能的直系同源基因（Orthologues）。数据库具有统一的界面，用户可方便地进行浏览、检索、BLAST搜索和数据下载。